پس از جدایی پر سر و صدای سینا سعیدی‌فر از استقلال و پیوستن این گلر جوان به تیم شمس آذر قزوین، نکونام چندین بار به این موضوع معترض شد و در یکی از نشست‌های خبری اعلام کرد که هرگز در جریان جدایی سعیدی‌فر نبوده و باشگاه بدون اجازه وی، رضایت‌نامه این سنگربان را صادر کرده است.

نداشتن گلر سوم در استقلال نیز صدای نکونام را درآورد و وی اعلام کرد که در تمرین ریکاوری پس از بازی‌ها، نمی‌تواند بدون سنگربان سوم تمرینات را برگزار کند و به همین منظور، مدیران استقلالمحمدجواد کیادروازه‌بان سابق تیم‌های آلومینیوم اراک و شهرخودرو را به عنوان جانشین سعیدی‌فر به خدمت گرفتند،اما جواد نکونام امروز به محمدجواد کیا اجازه تمرین نداد و اعلام کرد که وی حق ندارد در تمرینات تیم حضور یابد.

این اتفاق در حالی رخ داده که گویا محمدجواد کیا با نظر سرمربی تیم جذب نشده و نکونام همان استراتژی که در قبال بازیکنان دیگر که از سوی مدیریت جذب یا معرفی شده بودند را به کار گرفته و مشخص نیست حالا وضعیت این گلر جوان و استقلال چه خواهد شد.